Chuyến tàu Ngân hà 999 (từ giờ xin được gọi ngắn là Chuyến tàu 999) tuy là một tác phẩm khoa học giả tưởng nhưng không hề đặt nặng tính chính xác về mặt khoa học, hay dự báo về tương lai tiềm ẩn nhiều mâu thuẫn như các tác phẩm khác. Hai nhân vật chính của tác phẩm không phải hai nhà thám hiểm vũ trụ, mà ngược lại, họ chỉ là du khách của những trạm dừng chân rải rác khắp thiên hà Milk Way. Họ cũng không phải là những người từ ban đầu đã mang trong mình một lí tưởng cao đẹp, mà họ chỉ là những người đang theo đuổi những mục đích riêng.

Ấy vậy mà câu chuyện của Tetsuro và Maetel (nam chính và nữ chính) vẫn có khả năng lấy đi nước mắt của người xem, khi hành trình xuyên ngân hà của họ cho ta chứng kiến nỗi đau buồn và cô đơn của loài người giữa cái mênh mông vô cùng của vũ trụ. Mỗi điểm dừng chân của chuyến tàu là một hành tinh đầy bi kịch tự tạo bởi con người. Tác giả đã không đưa người xem ra ngoài vũ trụ, mà trái lại, ông đưa chuyến tàu tốc hành xuyên ngân hà chạy thẳng vào tâm hồn của con người, trong đó đầy sự huyễn hoặc và điên rồ, tham lam và ghen tị, ích kỉ và bạc nhược. Và có cả hy vọng và tình thương.

Chuyến tàu kể về hành trình xuyên ngân hà của cậu bé mười tuổi Hoshino Tetsuro đi tìm cho mình một thân thể cơ khí để báo thù cho người mẹ đã bị sát hại trong một cuộc "đi săn" của những con người cơ khí. Trái đất trong thời đại mà Tetsuro sống đã đạt đến một trình độ khoa học vượt trội, cho phép con người có thể hoán đổi thân xác hoàn toàn với một thân thể cơ khí. Những con người cơ khí đó có tuổi thọ vô tận và dần dần thay thế con người sinh học lạc hậu, trong đó có mẹ con cậu bé Tetsuro. Để chống lại lũ người cơ khí đã cướp đi sinh mạng của mẹ mình, Tetsuro quyết tâm biến đổi bản thân thành một con người cơ khí siêu việt giống như chúng. Tham vọng của cậu được tiếp sức bởi một người phụ nữ bí ẩn tên Maetel. Cô cho biết cậu sẽ có cơ hội tìm được một thân thể cơ khí miễn phí tại ngân hà láng giềng Andromeda, miễn là cậu đi cùng cô trên Chuyến tàu 999.

Không ngần ngại, cậu bỏ lại Trái đất sau lưng để theo đuổi tham vọng cơ khí hoá thân thể với sự giúp đỡ của người bạn đồng hành bí ẩn. Tetsuro hoàn toàn tin tưởng Maetel, mặc dù cậu không biết gì về xuất thân hay động cơ của nàng. Có lẽ vì bi kịch diễn ra tại quê nhà là quá lớn, và tham vọng đã che mờ tâm trí của cậu. Thực vậy, Trái đất trong Chuyến tàu 999 đã không còn là nơi mà cậu có thể gọi là nhà, khi mà những người bình thường bị bọn người cơ khí khinh rẻ và kì thị. Vậy thì cậu chỉ có thể ra đi, mang theo hoài bão vào một vũ trụ rộng lớn.

Maetel, trái ngược lại với Tetsuro, lại là một người phụ nữ trưởng thành xinh đẹp, bí hiểm và khó đoán. Nàng có chiếc vé quý hiếm để lên chuyến tàu xuyên ngân hà mỗi năm chỉ ghé qua Trái Đất một lần. Chuyến tàu sẽ đưa hành khách qua vô số hành tinh cho đến chặng cuối là một nơi được đồn đại sẽ cho những người đến đó một thân thể cơ khí miễn phí. Được lên Chuyến tàu 999 là một đặc quyền lớn lao, đủ khả năng khiến cư dân khắp ngân hà Milky Way chém giết lẫn nhau để giành lấy chiếc vé lên tàu.

Độc giả không được biết làm cách nào Maetel có được vé tàu và cũng không biết mục đích của Maetel khi trao cho Tetsuro một đặc quyền lớn lao đến thế. Bí ẩn càng dày thêm, khi Maetel được xem như thượng khách tại những nơi nàng đến. Maetel còn sở hữu khả năng chiến đấu và hồi phục đáng kinh ngạc. Chính nàng là người bảo vệ và dẫn dắt cậu trai trẻ Tetsuro, khi cậu bị cuốn vào những mối nguy hiểm trong suốt hành trình xuyên ngân hà.

Tetsuro và Maetel là hai hình tượng đối lập với nhau một cách quyết liệt. Một cậu bé mười tuổi hiếu kỳ bên cạnh một người phụ nữ đầy bí ẩn. Một cậu trai bần cùng, ít hiểu biết bên cạnh một quý cô kiểu cách. Ngoại hình của hai người cũng đối lập như vậy. Nếu Tetsuro lùn xửn, xấu xí và lười tắm, thì Maetel là một mỹ nhân cao ráo. Dẫu khác biệt đến vậy, Tetsuro và Maetel có một sự đồng cảm và gắn kết sâu sắc. Vai trò của Maetel trong câu truyện là để dẫn dắt cho cậu bé Tetsuro trên bước đường trưởng thành, để sẵn sàng tự quyết định số phận của mình. Về phần mình, Tetsuro qua mỗi thử thách lại thêm phần cứng cỏi, đủ sức mạnh để bảo vệ Maetel và những người mà cậu gặp trên hành trình.

Đón hai người là một đầu máy xe lửa chạy than kiểu cổ, không gợi một chút liên tưởng nào tới một chiếc tàu vũ trụ có khả năng bay xuyên ngân hà. Đoàn tàu số 999 xuyên thẳng qua tầng khí quyển mà không chịu một vệt ma sát nào. Nhờ chi tiết đó, người đọc dễ dàng nhận ra tác giả không nhấn mạnh tính chuẩn xác về mặt khoa học của Chuyến tàu 999. Những câu truyện về con người trong vũ trụ và bi kịch của họ mới là trọng tâm của câu chuyện. Thiên hà Milky Way trong truyện là một thiên hà đã được con người cải tạo và định cư rộng khắp. Tất cả những trạm dừng chân mà Tetsuro và Maetel ghé qua đều có người ở, nhưng đều trên đà thoái trào. Con người trong Chuyến tàu 999 là một giống loài cô đơn và buồn thảm. Việc cơ khí hoá và khai phá vũ trụ đã tước đi nhân tính của họ.

Sự bất tử và địa vị trong xã hội dần dần tước đi những cảm xúc rất đời thường của con người cơ khí, như lòng bác ái và hy vọng. Luật pháp cho phép những người này được tàn sát con người máu thịt mà họ cho là hạ đẳng. Dần dần, tâm hồn của con người cơ khí cũng chai sạn và vô cảm như chính cơ thể kim loại của họ.

Bi kịch đó lặp lại trên khắp thiên hà, khi những con người cơ khí dần đánh mất niềm tin và hy vọng sống. Như trong câu truyện diễn ra trên Sao Hoả, khi cư dân của nó chỉ tồn tại trong sự mục ruỗng. Họ chờ đợi những cơn gió và bụi đỏ của Sao Hoả vùi lấp bản thân mình trong quên lãng. Cư dân của những nơi khác thì bị môi trường sống hành hạ và biến đổi thành những kiểu người dị hợm và kỳ quặc.

Mỗi câu chuyện của Chuyến tàu 999 kể về một bi kịch của con người. Đó có thể là người mẹ mất con vì chiến tranh, hay là một cư dân đau xót nhìn hành tinh quê hương bị khai thác đến cạn kiệt, hay một mỹ nhân cố gắng trong vô vọng để níu kéo tuổi xuân. Mỗi câu chuyện diễn ra trên một tinh cầu xa xôi nằm trong trí tưởng tượng của tác giả, nhưng lại có sức mạnh khơi gợi sự cảm thông nơi người đọc. Bởi lẽ, tác giả Matsumoto đã không kể một câu chuyện về những vì sao. Ông kể câu chuyện của những con người sống giữa những vì sao. Câu chuyện của họ cũng là câu chuyện của chúng ta, nhiều cay đắng và bĩ cực, nhưng vẫn có những giờ phút tươi đẹp và những điều đáng quý. Trong những bi kịch của Chuyến tàu 999 ta thấy sức sống bền bĩ của loài người trước những thử thách ghê gớm của vũ trụ. Thậm chí trong cái cách mà họ liều mình để giành lấy chiếc vé của Tetsuro và Maetel.

Bên cạnh đó, tác giả còn vẽ nên một bức tranh về tinh thần quả cảm và lòng bác ái trong một vũ trụ nghiệt ngã. Có những nhân vật chỉ xuất hiện một lần nhưng đã gây cho mình một ấn tượng sâu sắc, như cô bé người thuỷ tinh ở Chapter 3: dù có một số phận buồn tủi nhưng khi thảm hoạ ập đến, cô sẵn sàng hy sinh bản thân để bảo vệ Tetsuro, chỉ để lại cho cậu một viên pha lê hình giọt lệ. Thật vậy, trên đời có những người có thể hy sinh tính mạng cho người khác, chỉ mong ký ức về mình là còn lại.